Бекир Вагаб-оглы родился в городе Карасубазар (ныне Белогорск) Симферопольского уезда Таврической губернии 15 мая 1893 года в чабанской семье.
          Помогая отцу пасти овец, Бекир с нетерпением ждал того часа, когда его определят в школу. В 8-летнем возрасте он стал посещать приходскую школу, а через 3 года поступил в прогимназию. Способности Бекира к учебе были рано замечены горожанами, и городской голова Решид Медиев способствовал тому, чтобы направить Бекира на учебу в Стамбул за счет городского благотворительного общества.
          В 1914 году Бекир закончил Константинопольский Турецкий Лицей по словесному отделению. Параллельно с этим он окончил и 3-годичные высшие курсы арабского и французского языков при Стамбульском университете и получил право преподавания этих языков в средней школе и в лицеях. Во время учебы в Стамбуле Бекир публикует свои первые стихи, которые подписывает псевдонимом “Чобан-Заде” (Сын Чабана).
          В 1915 году Бекир возвращается домой, а затем едет в Одессу, где в течение года изучает славянские языки, после чего направляется в Венгрию, поступает на историко-филологический факультет Будапештского университета. Здесь он сразу входит в мир науки, начинает изучать “Кодекс-Куманикус” - древнейший памятник крымскотатарского языка. Молодой ученый до окончания учебы завершает свою научную работу и в 1920 году защищает докторскую диссертацию. После окончания учебы Бекир преподает в Будапештском и Лозаннском (Швейцария) университетах и в 26 лет становится профессором обоих университетов.
          Находясь вдали от родины, карасубазарец тоскует о родных местах и свои чувства передает в своих стихах. В дальнейшем они будут изданы в отдельной книге под названием “Буран”.
          В конце 20-х годах молодой профессор возвращается на родину. В это время в Крыму происходили бурные политические события, шла ломка эпох. В 1921 году провозглашается Крымская Автономная Республика, и Бекир становится активным ее бойцом. Он избирается членом Центрального исполнительного комитета Крымской АР, участвует в процессе революционного обновления общества.
          В 1924 году Бекир Чобан-Заде становится ректором Крымского университета, читает лекции по введению в языкознание, крымскотатарской диалектологии, сопоставительной грамматике тюркских языков. В это время в Баку развернулась активная работа по переводу тюркских алфавитов с арабского на латинскую графику. Руководители Азербайджана пригласили Бекира Чобан-Заде, чтобы он возглавил эти начинания, и он приехал в Баку.
          В течение 1925 - 1930 годов Бекир Чобан-Заде весь свой талант и энергию отдает этому важному делу, поистине титанический труд ученого и новатора делает его имя всемирно известным.
          В 1927 году он избирается председателем научного совета Всесоюзного центрального комитета по новому алфавиту.
          В 1928 году против Бекира Чобан-заде развернулась клеветническая кампания в крымской и бакинской печати. Ученого обвиняли в пантюркизме, "буржуазном национализме". Изгнанный и исключенный отовсюду, лишенный всех своих должностей, он мучительно пересматривает свои позиции, вследствие учинённых над ним пыток и, в результате, психологического надлома публикует покаянные письма в крымских и бакинских газетах. Стихотворения этого периода полны навязчивых идей о смерти и потустороннем мире ("Хайтарма", "Красное вино"). Несмотря на травлю в печати, Бекир Чобан-заде сохранил высокий авторитет в научных кругах. В 1930-35 годах он заведовал кафедрой узбекского языка в Ферганском пединституте, преподавал в Ташкентском университете, Бухарском пединституте, избран действительным членом Азербайджанского филиала АН СССР, в 1935 году избран членом Парижского лингвистического общества.
          Бекира Чобан-заде арестовали 28 января 1937 года в Кисловодске. Обвинен в участии в деятельности "Милли-Фирка", пантюркистском движении и непрерывном, в 1920-37 годах, участии в "националист." и "пантюркист." организациях. 12 сент. 1937 ВК ВС СССР приговорен к ВМН (ст. 60, 63, 70, 73 УК АзССР). Был казнен 13 октября 1937 года.