Борис Михайлович Зубакин родился в 1894 году в С-Петербурге в семье офицера российской армии. Его мать, в девичестве Эдвард, происходила из шотландского рода, выходцы из которого вместе с другими шотландцами, ставшими сподвижниками Петра I, обосновались в России в ХVIII веке. Учился в известной 12-ой Петербургской гимназии, где увлекся мистической и оккультной литературой.
          В 1912 году Зубакин создал масонскую ложу "Свет звезд". В этом же году Зубакин узнает о существовании в Озерках ложи розенкрейцеров, которую возглавил скромный аптекарский служащий Александр Кордиг, чех по национальности. Он известен тем, что ввел в русскую медицинскую практику волшебный по своим целебным свойствам корень женьшеня.
          Кордиг становится духовным отцом Зубакина и находит в нем преданного ученика. Ложа масонов вливается в ложу розенкрейцеров, основанную 30 июня 1907 года. Зубакин обязан Кордигу своим подходом к человечеству как к организму, вырабатывающему ценности культуры, знаний и нравственности. Кордиг подобрал ему профессоров, занятиями Каббалой руководил петербургский профессор Мебес, математик, ученик Папюса. В Гельсиндорфе Зубакин слушал лекции по теологии, занимался средневековой философией у Германсена. В Киеве Зубакин занимался у Болсуновского, специалиста в области археологии и славянской мифологии, учился в Кенигсберге. Общение с выдающимися учеными было дополнено чтением специальной литературы. Он собрал прекрасную религиозно-философскую библиотеку.
          В 1916 году ложа была преобразована в Философский институт, где Зубакин преподавал.
В 1918 году спасаясь от голода, безденежья и семейных неурядиц он переезжает на хутор Затишье под Невелем в Витебской губернии. Здесь, работая деревенским учителем, заканчивает дисертацию по философии религии, входил в невельскую ложу розенкрейцеров, которая распалась в 1920 году. К этому время больного Зубакина мобилизовали в Красную Армию. Вернувшись в Петроград увлекся поэзией, был близок к В.Брюсову и его окружению, был знаком со многими поэтами Серебряного века, участвовал в литературных собранях "Цеха поэтов". Как поэт-импровизатор выступал в поэтических клубах Москвы.
          В 1920 году Зубакин экстерном закончил Московский археологический институт, стал профессором этого института. В 1922 году в Москве в Союзе писателей Павел Антокольский знакомит Зубакина с Анастасией Цветаевой, которая становится его личным секретарем.
          30 декабря 1922 года Зубакин был впервые арестован, но вскоре выпущен на свободу В 1929 году он был вторично арестован как бывший офицер, "участник и организатор мистических кружков, каббалист и чернокнижник" и заключен в Новодвинскую крепость под Архангельском, а затем находился (до 1932 года) в ссылке в Холмогорах. Между двумя арестами он успел издать книгу стихов “Медведь на бульваре”. Оказавшись волею судьбы на русском северо-западе, Зубакин увлекся историей и этнографией этого края, издал работу “Холмогорская резьба по кости” (1931), изучал историю Ломоносова и местные языки, опубликовав о них оригинальное лингво-филологическое исследование. В 1935 году его перевели в Архангельск, где он освоил лепку бюстов. Работал скульптором, руководителем скульптурных и формовочных работ в мастерской Союза северных художников и скульпторов. В этот тяжелый для него период 3убакин занимался и поэтическим творчеством (цикл северных стихов, поэма о "трех столицах" - Москве, Петербурге и Архангельске), и научной работой (труды: "Новое и забытое о Ломоносове", исследования об А. С. Пушкине, старообрядчестве). С согласия вдовы В. Я. Брюсова закончил его роман "Юпитер поверженный" (1934).
          2 сентября 1937 года Борис Михайлович 3убакин был вновь арестован по обвинению в руководстве антисоветской фашистской организацией "Орден розенкрейцеров", вывезен в Москву и 26 января 1938 года тройкой при УНКВД по Московской области приговорен к расстрелу. 3 февраля 1938 года расстрелян. Место захоронения – Бутово.